《拥挤的地铁》是一部都市奇幻悬疑漫画，讲述每天早晚高峰乘坐本市最繁忙的3号线的普通职员苏晓，某天意外发现自己能看见地铁车厢内游荡的“执念灵”——这些是逝者遗留在地铁中的强烈情绪碎片。她被迫与神秘的“地铁清洁工”陆离合作，在拥挤的人潮中捕捉并超度这些执念，同时解开3号线频繁发生诡异事故的真相，以及自己身世与这条线路的深层联系。
苏晓在末班车上发现一个反复徘徊的少年执念灵，他每日在同一时间上车却从不下车。经过调查，原来他生前与女友约定在这里见面，却因意外失约而遗憾终生。苏晓与陆离帮助他传达未说出口的告白，少年终于在晨光中消散。
一位落魄画家的执念灵出现在早高峰车厢，他总在空气中作画，却无人能看见。苏晓发现他生前最后一幅未完成的杰作藏在地铁广告牌后面，她设法将画作公之于众，画家的执念得以安息，作品也感动了整座城市。
一名失去记忆的中年男子执念灵每日重复着下车的动作却不知该去往何处。苏晓通过他口袋中的旧车票存根，找到了他曾经的家，发现他一直在寻找失散多年的女儿。父女隔空重逢的瞬间，执念灵终于释怀。
3号线隧道深处传来诡异的低语，导致多趟列车延误。苏晓独自深入隧道探查，发现是一个被困在此处数十年的工程师生前未竟的安全隐患执念。在陆离的指导下，她找到当年图纸，协助地铁公司修复缺陷，低语随之消失。
苏晓在地铁站晕倒，醒来后发现自己能与执念灵直接对话。陆离透露，苏晓的祖母曾是这条地铁线的“守灵人”，而苏晓继承了血脉中的能力。苏晓抗拒这个身份，却因一个小孩执念灵的求助而逐渐接受使命。
苏晓首次目睹执念灵时惊慌失措，差点引发踩踏事故。关键时刻，一个戴着口罩、手拿拖把的清洁工少年陆离出现，用特殊工具驱散了扰乱秩序的执念灵，并警告苏晓“别多管闲事”，两人的命运从此交织。